A Várban egy Szeged történeti, interaktív kiállítás látható, a Kőtár pedig Szeged régi építészeti emlékeinek helye.
Az egykori szegedi vár története:
Szeged középkori vára a Maros és a Tisza találkozása alatt, a vízjárta területekből kiemelkedő szigetek egyikén épült. A római korban itt lehetett a Ptolemaiosz említette Partiszkon nevű település. A rómaiak ezen a helyen a Kr. u. 2. században útállomást létesítettek. Ennek nyomai a várbontáskor kerültek elő: többek között egy márvány császárportré, és egy feliratos kő, amelyet a császári futárposta parancsnoka állíttatott.
A népvándorlás-, a honfoglalás-, majd Árpád-korban valószínűen a régi római maradványokat ugyancsak katonai célokra használhatták, hiszen a fontos tiszai átkelőhelyet, az Erdélyből a Maroson szállított sót és annak átrakodó kikötőjét sohasem lehetett katonai felügyelet nélkül elképzelni. Állandó vár építésére csak a tatárjárás után, a 13. század második felében került sor. Falai között a középkorban csaknem minden királyunk megfordult. Többször adott helyet az országgyűlésnek is.
A mohácsi csata és Buda elfoglalása után, 1526-ban a visszavonuló török seregek a várost a várral együtt feldúlták. 1543 farsangján a vár szinte ellenállás nélkül jutott újra török kézre, ezúttal 143 évre. Az 1686-ban felszabadított vár külső képét császári hadmérnökök felméréseiből, rajzairól, és egy 1709-ben készült festményről, a máriacelli kegykép hiteles ábrázolásából ismerjük. Ezek mindegyike egy szabálytalan négyszög alakú, négy saroktornyos téglavárat ábrázol. A vár épületeit piros tetőcserép fedte. A nagy kiterjedésű téglaerődítmény túlnyomó része középkori eredetű volt.
A középkorban még minden fő égtáj irányában kaputornyok védték a Szolnok, Buda, Temesvár, Pétervárad felé nyíló kapukat. A török uralom alatt az északi és keleti (Tiszára néző) kapukat befalazták, a nyugati, budai kaput gyalogosbejáratra szűkítették. A mai Roosevelt tér területét felölelő elővárral védett déli kaputorony volt az egyetlen bejárata.
A vár belsejében, a középkori épületek közül a két legjelentősebbről maradtak fenn ismereteink. A római falak felhasználásával épített, emeletes Árpád-kori Palota a mai Vár utca és Deák Ferenc utca sarkán állt. Lovagtermét dongaboltozat fedte, ülőfülkék és román stílusban faragott lábazatokkal és fejezetekkel díszített oszlopok tagolták. Külső falsíkját fehér, sárga és fekete dőlt négyzetekből álló festés borította.
Az udvar közepén állt az impozáns gótikus vártemplom – Dugonics András szerint – Szent Erzsébet temploma. Gótikus támpillérekkel megerősített épület volt, északi oldalán sekrestyével, déli oldalán mellékkápolnával, melynek gótikus csillagboltozata a feltárások során vált ismertté. Többemeletes karcsú tornya az északi oldalon emelkedett. A templom jelenlegi adataink szerint a 14. század közepén épült.
A várbontás és az utóbbi évek feltárásai során előkerültek azok a csipke finomságú kőfaragványok, melyek a bejáratot, az ablakokat és a templombelsőt díszítették. Ma ezek a faragványok, melyek a középkori Szeged európai rangú építészeti színvonalát bizonyítják, a vármaradvány Tisza felőli udvarán létesített kőtárban láthatóak. A 18. század elején a várparancsnokság a templomot lebontatta.
A vár egy részét a 18. század végén börtönné alakították át, amelyben 1848 előtt olasz hadifoglyok, majd a dél-alföldi betyárvilág felszámolására kiküldött Ráday Gedeon királyi biztos befogott betyárjai, – köztük Rózsa Sándor is – raboskodtak. 1876 és 1882 között az egész erődítményt, az Alföld legnagyobb középkori eredetű téglavárát lebontották, a ma is álló barokk-kori, úgynevezett Mária Terézia-kapu kivételével.
A vármaradványt 1999-ben tetővel fedték be. A város felőli oldalán, az egykori kapu lebontott homlokzata helyén felépítették a múzeumi kiállító- és raktárhelyiségek fogadó-, kiszolgáló egységeit magában foglaló tömböt.
Az építkezések megindulásakor került elő a gótikus vártemplom északi fala. A templombelsőből és a templom körüli temetőből eddig mintegy hétszáz középkori temetkezés került elő, ami Szeged első régészetileg megismert középkori temetője. A sírok a több száz éven át tartó folyamatos temetkezések miatt szorosan egymás mellett, illetve egymás fölött fekszenek a feltárás pillanatában, szinte “tömegsírként” hat a látványuk. Ez azonban csak a látszat, a középkorban is létezett meghatározott temetkezési rend, a sírok rendszerben, sorokban helyezkedtek el. A folyamatos utántemetések miatt azonban a föld alatt szinte kaotikus zsúfoltság alakult ki a sírok egymásra rétegződésével.
Előfordulnak egyes, és kettős temetkezések, valamint egy-egy család több nemzedékét magában foglaló közös sírboltok, téglából épített családi kripták is. Gyakran találunk a sírokban az elhunytak viseletéhez tartozó gombokat, ruhakapcsokat, ruha- és övdíszeket, fülbevalókat, valamint pénzérem-mellékleteket. Bár a keresztény rítus szerint eltemetettek esetében a túlvilági útra szánt mellékletadás pogány szokása tiltott volt, a XIV. században itt is feltűnő kunok sírjaiban gyakran találunk egyéb tárgyakat is a sírokban.
A felfedezéssel Szeged egyik legfontosabb középkori műemléke válik láthatóvá. Igaz, a több évi munkával a templom épületének csak nyugati felét tárhattuk fel. Ha a feltárás folytatódik, és az előkerülő falak bemutatására lehetőség nyílik, a Dömötör-torony és az alsóvárosi templom mellett, Szeged egy harmadik középkori műemlékkel büszkélkedhet.